Theo một quy định mới, vùng khai thác cá dùng để chế biến nước mắm Phú Quốc phải thuộc vùng biển tỉnh Kiên Giang và quá trình chế biến nước mắm và đóng gói phải được tiến hành trong khu vực địa lý xác định của huyện Phú Quốc.

Theo Quy định tạm thời về sản xuất nước mắm mang tên gọi xuất xứ Phú Quốc do Bộ Thủy sản vừa ban hành, cá nguyên liệu dùng để chế biến nước mắm Phú Quốc là giống cá cơm (Stolephorus) thuộc họ cá trỏng (Engraulidac), có thể lẫn các giống cá khác với tỷ lệ không vượt quá 15%. 

Muối dùng để chế biến nước mắm Phú Quốc là muối biển, được sản xuất tại các vùng sản xuất truyền thống thuộc tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu, Phan Thiết, được bảo quản tối thiểu 60 ngày trước khi đưa vào chế biến. Các phụ gia phải là chất được phép sử dụng theo quy định của Bộ Y tế, Bộ Thuỷ sản. Việc pha đấu được thực hiện từ nước mắm cốt, nước mắm long sao cho đạt độ đạm tối thiểu 20gN/lít.